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数据科学项现在管理中的“黄金标准”
      发布时间:2018-12-03 17:36      作者:admin      点击:

https://www.tidyverse.org/articles/2017/12/workflow-vs-script/

R是一个免费的柔件,你能够在www.r-project.org/找到。吾用R是由于XX模型。你能够有所晓畅XX和XX相等复杂。但是吾能够不消说这些你已经是个统计学弟子了。吾都是用Matlab来处理几何的题目。

以是,几个月份来,两位钻研者不息在对一项舛讹的钻研进走复现,更主要的是,他们大无数的时间消耗到了“有时义”的数据搜集与清理上。

感谢你对吾们的文章感有趣。在计算中吾用的是吾们本身的代码,现在还异国公共版本可供下载。鉴于现在的代码不是很易用,而且还在不息改进中,以是吾倾向于暂不分享。

此外,你还得对文件的命名手段多添着重,详细做法如何,吾们一首来望望吧。

一位对R说话脚本设计、做事流程和文件机关与命名方面颇有见地的数据科学家Jenny Bryan认为有三个原则是必须听命的:

但是在命名文件时,吾提出除非绝对必要,不要行使缩写词;倘若行使了的话,请在自述文件中列明这些新闻。

最先,你所做的项现在必须具有专门强的可复制性以及可分享性,由于只有云云才能让你的同走检验项主意收获。

以是,提出你在浏览钻研收获时,先望是否有一份附有一切的原首数据和代码的可重复性声明。倘若异国望到一份云云的东西,你能够一时无视这个钻研。

吾不得不说倘若异国注释的话,这就是一个不太平常的请求。请让你的导师发一封详细的,吾再强调一遍,详细的邮件给吾来注释一下。

如何竖立一个数据科学项现在管理?竖立的标准又是什么?

钻研终局的可复制性和分享性

OMT

为了机器的可读性,吾们期待避免空格、标点符号、句号和任何其他稀奇字符(除了“_”和“-”)。

很益地处理默认排序

让文件名以大写字母起头隐微是个坏主意,由于它会导致你必要额外的按键来生成大写字母(例如Shift)。然而,行使camelCase手段,您能够议决行使选项卡来自动完善以避免额外的按键。

文件命名

“不管你的柔件有多益,倘若表明文档不足益,人们就不会行使它。即使出于某栽因为,人们异国选择而不得不行使它,异国益的表明文档的话,行家也不及有效地行使它,更不会听命你期待的手段行使它。”

吾们清淡不会将吾们的内部数据分享给非配相符单位。

面向项主意做事流程

在Daniele Procida关于柔件文档的黄金标准上,他很益地总结了这一点:

又经过很长时间的实验验证,这两位钻研人员发现已发外的钻研中的代码展现了一个舛讹,这个舛讹主要到钻研的收获会将患者置于危险境地。

吾想大无数人起码承认这一点:“你的钻研必要让其他人能够轻盈地理解你在项现在中做了什么,并能复制这些终局”。

机器可读

这就是弱分享性以及弱复制性带来的危害,验证实验终局能够消耗不了多少成本。但是由于钻研作者对数据的珍惜,使得你必要用更长的时间搜集有关数据。

Leek还指出,答该避免大幼写的敏感性,例如Esophageal-Cancer_Report.md(食道癌通知.md)隐微是一个可怕的文件名(输入这串包含大幼写的字母和字符真是累物化了)。

https://www.r-bloggers.com/the-gold-standard-of-data-science-project-management/amp/

这些代码是吾和同事多年勤苦的结晶,这些数据也是吾与配相符者们含辛茹苦花了很长时间搜集到的,以是也必要得到他们的允可。

人类可读

听命这个数据科学项现在管理黄金标准的提出,在处理“大数据”时你将左右逢源很多。

另外,提出行家往浏览她的博客文章“面向项主意做事流程”它懂得晓畅的通知吾们更多关于“怎样做”以及“为什么云云做”的新闻。

这些数据文件是吾们的资产,并且不是免费行使的,以是请通知吾们你想要用这些文件来做什么,然后吾们望望能够如何帮到你。

不及让你的项现在具有可复制性是学术上的不端走为,能够会产生主要的效果。例如“未能妥善记录和保存钻研收获”是近日康奈尔大学钻研员Brian Wansink的受到的不仅彩的控告之一 。

针对人类的可读性,必要您给文件授予有意义的名称。当命名R对象时,倘若包含了注解的话,缩写对象名称的也是能够的。例如,cv_perf_Recoke_rf是对随机森林模型的每个交叉验证的验证召回的计算。

很抱歉吾们的代码在创建时并异国想过给他人行使。代码现在并未文档化,吾们也没未必间和资源来文档化。倘若你有一个稀奇的计算要做,且不是吾们现在做的东西的主要延迟的话,吾们能够帮你跑这个代码。

倘若你行使R,你答该读一读Jenny Bryan的here()包,它清除了setwd()能够导致的麻烦的做事流程题目。

另外一个提出是将日期和数字放在文件名的起头。首终行使ISO 8601的日期格式(yyyy-mm-dd)和左首带0的数字。数字的最大位数取决于统统要生成多少个文件。倘若你想要保存100个修建MRI图像文件,那么它答该望首来如此001_t1_mri.nii.gz。倘若你认为你实际上会生成1000个文件,它望首来答该如此0025_t1_mri.nii.gz。

经过数月的时间,终于,这两位细心的钻研人员拿到了想要的数据和代码。固然,拿到的时候这些原料照样未经清理、杂乱无章的。

本文首发于微信公多号:大数据文摘。文章内容属作者幼我不悦目点,不代外和讯网立场。投资者据此操作,风险请自担。

当你有关一个钻研员想要获得他的钻研的源代码和初首数据时,你必要注释你是谁,你为谁做事,为什么必要这些数据,以及你要如那里置这些数据。

另外,你还频繁收到如下回复:

那么,为什么钻研者大多不情愿分享钻研数据呢?

有关报道:

文件的命名的手段在数据科学项现在中也是专门主要的。

因此,听命Procida师长的明智提出,你的钻研必要让其他人能够轻盈地理解你在项现在中做了什么,并能复制这些终局。这对于现在和同事的配相符至关主要,也对后人有很大协助(例如,异日某镇日你要重新运走一个六个月没碰过的分析的时候,或者任何其他钻研员想要重新望一望你的做事的时候)。Leek认为 “消耗数据科学项现在中10-20%的时间来对你的做事进走机关与文档化”是专门主要的。

你也能够用esophagealCancer_report.md,由于它更能望首来更令人喜悦,也并未有Leek挑到的风险;只要不要遗忘在linux中行使find指令时用-iname标志来无视大幼写就益。倘若你难忘,或者只是效果很高(也就是懒),你总是能够把它包含在.bashrc文件中行为又名。

清淡吾们不会挑供这类数据给不意识的人。能够你想要查验数据分析,这能够对于吾们也有效,但是在你发外你的钻研时请正当地挑到吾们。.

例如,杜克大学的钻研人员曾经发外了一项关于将幼我基因新闻用于患者化疗的钻研。来自MD Anderson癌症钻研中心的两位钻研人员Baggary和Coombs想要对钻研进走复现。但是复现之前必须获取数据和代码是必须的。

可重复行使表明范例

 
 

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